1642年，李自成二圍開封城。崇禎一邊從牢里將已經關押3年的孫傳庭放出來，讓他去河南救援；另一邊派侯恂為督師拿著崇禎東拼西湊湊出來的五十萬兩白銀犒賞左良玉所屬部下，讓左良玉出戰去打已經坐大的李自成。

結果，左良玉的明軍與李自成會戰于朱仙鎮，左良玉大敗，一潰千里跑到襄陽。從此喪失了和農民軍交戰的勇氣。

但李自成沒打算放過左良玉，跟著攻打襄陽，左良玉不敢應戰只能帶著軍隊逃跑至武昌。左良玉向楚王要兵員、要糧餉，均沒得到補給，憤恨之下左良玉縱兵掠奪武昌包括漕糧鹽舶。

后來到了九江，左良玉擁兵二十萬觀望自保（其實也都是散兵游勇烏合之眾，少有精銳）。后張獻忠克武昌，朝廷嚴令出兵，才出戰大敗立足未穩的張獻忠，收復漢陽。待張獻忠入蜀后，出兵收復武昌，于是左良玉便在武昌立穩了腳跟，對外軍隊號稱有八十萬。

另一邊的孫傳庭，剛出來不了解農民軍已壯大到動輒數十萬規模，相繼在柿園之役和郟縣戰役吃了敗仗。1643年，孫傳庭親率白廣恩、高杰等部10萬人出師潼關，結果再次大敗，孫傳庭這只秦軍精銳被徹底殲滅。陜西秦軍被李自成殲滅之后，左良玉這點人馬，已經是明朝最后的生力軍了。

等到李自成大軍跨過黃河，進入山西，明廷形勢已經危在旦夕。崇禎多次下命令讓左良玉帶兵進京勤王，但是左良玉已經被農民軍打怕了，拒不奉詔，于是兩邊就在那扯皮。

朝廷也沒辦法啊，等到李自成的軍隊已經降服了整個山西，進入崇禎十七年（1644年）三月，朝廷真的急了，你左良玉什麼條件都給，只要你出兵就行。

崇禎下詔封左良玉為寧南伯，給他的兒子夢庚平賊將軍的大印，大功告成以后就讓他們父子世代把守武昌。又命令給事中左懋第順路經過時督促他出兵作戰，左良玉于是慢吞吞的按年月擬定了一份出兵計劃交了上去。

他的奏疏交上后還沒有得到朝廷的答復，就聽說京師被攻陷了，崇禎帝殉國。

按理說，左良玉在明朝的最后時刻表現出來的作戰態度，真的稱不上積極。不過，更多人認為，明朝末年朝廷無力，淪落到皇帝要求著大臣出兵的份上；官官相斗，朝中文臣互斗也就罷了，偏偏要拉上在前線的將士。袁崇煥，孫承宗，孫傳庭沒一個落得好下場。

盤點君也認為，明末的武將，都淪落成政治的附屬物，武將得有機會遠離政治就遠離，還管你皇帝的死活，除非是皇親國戚。左良玉有了前面袁崇煥、孫傳庭的教訓，雖然仍是大明武將，但要聽皇上的命令，弄不好命早丟掉，他心里自然也是盤算過的！